Le prime notizie su una cappella a Villa risalgono alla Visita Pastorale del 25 agosto 1533, quando il vescovo concedeva un’indulgenza a chi si prestasse per il mantenimento della fabbrica e luminaria della chiesa dei ss. Fabiano e Sebastiano a Villa, (Morizzo 1911, p. 4). Da una successiva visita, fatta nel 1547, la si dice esistente fin dal 1526. Così è descritta la chiesa nella visita del vescovo Jacopo Rovellio fatta il 10 settembre 1585: Si visitò dei Santi Fabiano e Sebastiano di Villa, avea una sol porta verso occidente – una finestra verso settentrione. Il pavimento di cemento: le pareti dipinte [affrescate], il presbiterio a volto e dipinto, l’altare con varie scolture dorate e in legno.